- Limpe todo o cache do yum,
$ sudo yum clean all
- Atualize primeiramente o yum,
$ sudo yum --releasever=6.4 update \*yum\*
- Verifique as atualizações disponíveis,
$ sudo yum --releasever=6.4 check-update
- Aplique as atualizações com o comando,
$ sudo yum --releasever=6.4 update --skip-broken
- Finalmente, reinicie o sistema para validar as atualizações.
Referência: http://joacelio.blogspot.com.br/2012/08/atualizar-scientific-linux-62-para-63.html