As extensões do Gnome Shell são instaladas em /usr/share/gnome-shell/extensions ou em ~/.local/share/gnome-shell/extensions, sendo o primeiro global e o segundo válido apenas para o próprio usuário.
Para instalar uma extensão de forma manual, obtenha o pacote ZIP correspondente a extensão desejada em https://extensions.gnome.org. Em cada página de extensão do extentions.gnome.org há um link que aponta para a Home Page do projeto. Seguindo um desses links, procure o pacote ZIP para download.
Após o download do ZIP, abra-o com o Gerenciador de Pacotes conforme:
Clique no botão Extrair, use a combinação de teclas Control+H para exibir arquivos ocultos e navegue até o diretório ~/.local/share/gnome-shell/extensions, quando estiver no diretório clique no botão Criar pasta e digite o nome do novo diretório (obs.: use o nome da extensão). Depois de criada a pasta, selecione-a e clique em Extrair.
Por garantia efetue logout e abra uma nova sessão do Gnome Shell, abra a Ferramenta de ajustes (Gnome Tweak Tool), escolha a opção Extensões do shell, encontre o plugin na lista e habilite-o.